La segreteria penale gestisce i fascicoli relativi ai procedimenti penali a carico di minori. In particolare, si occupa della ricezione e della registrazione degli atti e del loro inoltro, provvede alla trasmissione delle richieste dell'autorità giudiziaria requirente, e cura l'esecuzione dei provvedimenti definitivi di condanna (esecuzioni penali)